1990年，大众日报社在全国新闻单位中率先实行自收自支、自负盈亏。1994年以齐鲁晚报为试点，进行人事分配制度改革。1996年，在全社进行了人事、分配、运行机制综合改革。
　　组建集团后，2001年开始推行宣传、经营“两分开”体制改革，将经营性资产和经营业务从各报剥离，在集团层面成立广告、发行、印刷等专业化公司。2003年6月,大众报业集团被中央确定为全国首批文化体制改革试点单位后，进一步推进“两分开”体制机制创新，并被国家新闻出版总署授予“报业创新奖”。
　　宣传和经营在业务、机构、人员层面实现“两分开”后，两方面资源的深度整合和运作，成为一项重要课题。2005年以来，针对报业发展的新形势和“两分开”运行中出现的问题，集团坚持深化改革，通过集团化的深度整合和科学运作，迈出产业化发展的实质步伐，推进了集团的科学发展、和谐发展。
　　——深化改革，进一步理顺经营管理体制。2005年，集团重新调整了社委会，将其与集团公司经理层统一起来，使社委会既成为董事会对集团公司经营方针的执行者，又遵循《公司法》对子公司实施管理和控制。加强对公司的管理，清理整顿了与主业较远或无关的公司，收缩产业链，理顺了资产管理和运营体制。健全了集团监事会，完善了相关制度，充实了专职监事，并向二级公司委派了监事会主席和监事，加强了直属公司监事会建设。纪检监察工作按照教育、制度、监督并重的要求，出台了《关于进一步搞好集团党风廉政建设的意见》，举办了公司负责人廉洁从业培训班。党委积极支持纪委履行职责，支持监事会、统计审计处等具有监督职能的部门（单位）协调一致，充分发挥作用。这些措施，提高了集团的控制能力和风险防范能力。
　　——转变增长方式，向管理要活力、要效益。一是加强了制度建设，出台并落实了《全面预算管理办法》、《合同管理办法》、《采购管理办法》、《纸张管理规定》、《资金集中管理办法》、《投资管理办法》、《固定资产管理办法》等重要规章制度，推进了经营管理规范化，为健康、快速、可持续发展奠定了基础。二是转变经济增长方式，降低生产成本。通过实行新闻纸公开招标采购，加强纸张调拨、验收、结算等环节的管理,以及对印刷环节实施成本控制，节约了大量资金。加强资金管理调度，调整贷款结构，减少财务费用。这些措施，有效控制了成本，提高了整体效益。
　　——不断推进资源整合开发。整合印刷资源，在对各地印点统一降低印费的基础上，扩大对大宗印刷材料的统一招标采购范围，印刷成本大幅降低。整合齐鲁晚报与大众网的信息无线增值业务，促进报网结合，探索跨媒体经营的路子。整合土地资源，对集团现有可利用土地、新印刷厂闲置土地、山东文化产业学院用地等综合规划，开发工作陆续展开。整合品牌资源，通过举办会展和其他各种活动，扩大大众报业集团、齐鲁晚报、半岛都市报等品牌影响力，拉长了产业链。
　　——不断完善财务管理体制。实行财务总监、主管会计委派和定期轮换制度，对主要经营单位和公司财务人员实行统一委派、统一管理，实现集团财务统一。加强集团内部资金管理和运作，降低集团的整体融资成本。完成集团财务管理系统硬软件的升级改造和联网，严格控制二级单位的对外投融资行为，对各二级单位银行账户实行集中管理，强化集团对各二级单位的财务监控和管理调度。
　　——不断推进目标责任体系建设。在决策目标、执行责任和监督考核三个体系的建设中，结合每年的重点工作，强化宣传导向责任制、国有资产保值增值责任制和重大工作项目落实责任制，层层分解目标任务，层层签定责任状，并制定操作性强的配套奖惩措施。通过责任体系建设，各媒体各部门的执行力不断增强，保证了集团决策目标落到实处。