抗日战争进入战略相持阶段后，日军陆续侵占清河区、冀鲁边区境内各县城及较大村镇，开始频繁“扫荡”、“清剿”和“蚕食”，推行所谓“治安强化”运动。国民党顽固派也采取消极抗日、积极反共的政策，不断制造武装磨擦。清河区、冀鲁边区抗战形势日益恶化。
1939年初，清河八路军部队战斗在胶济铁路以北、小清河以南的东西狭长地带，处在敌伪顽的夹击之中。7月，三支队司令员马耀南在战斗中牺牲，使这一地区的抗战形势更加严峻。对此，八路军第一纵队司令员徐向前等就清河区抗日游击战争的发展给予了重要指示。至1940年9月，三支队改编为八路军山东纵队第三旅，开辟了横跨小清河南北的清河平原抗日根据地。继之又于1941年10月，在黄河入海口两岸创建了垦区抗日根据地，基本上跳出了胶济铁路两侧的狭小圈子。
1942年始，日伪对清河根据地进行了大规模“扫荡”、“清剿”。至1943年斗争更加残酷，日伪组织了4次万人以上、10余次千人以上的大扫荡，根据地遭到毁灭性破坏。清河区党政军民加强团结，咬紧牙关，在大平原上大挖“抗日沟”，改造平原地形，利用青纱帐，开展小部队活动，并在1942年、1943年两次组织夏季反“蚕食”、反“清剿”战役，采取“翻边战术”，内外线配合作战，取得重大胜利，巩固了抗日根据地。
在冀鲁边区，面对国民党顽固派的反共阴谋和日军的回师“扫荡”，八路军“挺纵”先后组织了韩集伏击战、三打灯明寺、激战大宗家等战斗，歼灭了大量日伪军，巩固了津南根据地，发展了鲁北根据地。自1939年底始，“挺纵”主力奉命挺进鲁西、鲁南及鲁西北，边区抗日力量锐减。在此艰苦条件下，边区党政军民坚持反“扫荡”、反“蚕食”、反磨擦斗争。1941年2月，边区抗日武装改编为八路军115师教导第六旅，统一了党和军队的领导。1942年6月，日伪对冀鲁边区进行了规模空前的大“扫荡”，边区抗战进入最残酷、最困难的时期。根据刘少奇对冀鲁边区关于坚持抗战、渡过难关和斗争形式要适应形势变化的重要指示，边区军民坚持分散性、群众性的游击战争，采取化整为零、分散隐蔽、敌进我进、灵活多样的斗争策略，广泛运用地道战、地雷战、伏击战、破袭战、村落战、麻雀战等战法，粉碎了敌人的分割封锁，逐步收复被“蚕食”地区，分区及各县区间逐渐连成一片，终于度过了最严峻、最困难阶段。
早在1939年，清河区、冀鲁边区就根据山东分局和八路军115师的指示，多次派出部队，积极向对方方向发展，以打通两区联系，相互支援、相互策应。期间，冀鲁边区连续五次组织了打通联系的军事行动，经过浴血奋战，两区部队终于在1941年9月于沾化县东部的老鸹嘴一带胜利会师，两区联系打通，揭开了两区抗日斗争的历史新篇章。
在抗日战争即将转入战略反攻之际，为更好统一和协调清河、冀鲁边两个战略区的党政军工作，1944年初，中共清河区与冀鲁边区奉命合并,建立了中共渤海区党委、八路军渤海军区。景晓村任党委书记，杨国夫任军区司令员，刘其人任行署主任。全区东临渤海、西枕津浦铁路，北至天津、南跨胶济铁路，成为党领导的山东重要的敌后抗日根据地。
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