在马本斋率领下，回民支队深深扎根于鲁西北这块土地上，奋战在冀鲁豫边区抗日战场上，令敌人闻风丧胆。
1942年9月，刚到达冀鲁豫边区，马本斋就指挥回民支队参加了突破日军九二七“铁壁合围”作战，在濮阳柳下屯以东伏击敌人，并跳出合围圈。11月，回民支队开赴鲁西北，在回民中心区朝（城）北张鲁集稍作休整后，立即同军分区基干武装一起，带领游击队和民兵展开反“扫荡”、反“清剿”斗争。回民支队先以“引蛇出洞”战术，消灭了冠（县）东、莘（县）北地区伪军齐子修部薄光三旅一部，击毙其副参谋长，并全歼前来增援的伪军一个中队，后以一部兵力在莘县西南焦花园、大宋庄伏击敌人，毙伤日军10余人，俘伪军30人，以另一部配合基干团深入冠堂公路以北活动，连克冠县西堤固、赵固、烟庄、二十里铺等据点，歼伪军数百人。此后一年多，回民支队猛打巧战，神出鬼没，东征西讨于鲁西北和豫北昆吾、尚和一带，遏制了日、伪军对抗日根据地的“蚕食”，巩固、扩大了抗日根据地。按照军区统一部署，1943年7月，回民支队参加了朝南战役，对伪军文大可部予以痛击，11月，积极有力地牵制、袭扰伪军王清翰部，保障了八公桥战斗的顺利进行。
马本斋回民支队敢大恶仗，会打巧仗。在攻克冠县田寨据点时，马本斋创造性地使用“土坦克”爆破法，吓得伪军缴械投降。1943年11月，冀鲁豫军区采用马本斋建议的“牛刀子钻心战术”，集中优势兵力，发动突然袭击，首先打掉八公桥，再清扫外围据点，将孙良诚伪第二方面军总部直属队全部消灭。马本斋卓越的军事指挥才能受到军区指战员的称赞，冀鲁豫区党委书记黄敬赞扬他是“后起的天才军事家”。
1944年1月，回民支队奉命开赴陕甘宁边区保卫延安，颈部患有严重对口疮的马本斋，叮嘱指战员“要跟着党，跟着毛主席，抗战到底。”2月7日，马本斋病逝。延安各界为他举行了隆重的追悼大会，毛泽东送挽词“马本斋同志不死”，中央军委副主席、八路军总司令朱德送挽联“壮志难移，回汉各族模范；大节不死，母子两代英雄”，中央军委副主席周恩来送挽联“民族英雄，吾党战士”。遵照马本斋遗嘱，其遗体安葬在张鲁集。
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