1990年8月26日，第17届国际历史科学大会在西班牙的马德里召开，西班牙国王胡安·卡洛斯一世担任此次大会的名誉主席。卡地兹大学教授M.L.奎萨达在开幕式发表演讲，题目为“哥伦布的西班牙环境”，提醒出席大会的3000多名学者，500年前，哥伦布发现美洲跨出了走向世界的第一步。
当时国际局势急剧变幻，国际政治环境对马德里大会有很大的影响。鉴于东欧国家的领土变动，国际历史科学委员会需要对会员关系进行调整，却也不是迫在眉睫。国际历史科学委员会和执行局的人事没有做太大的变动。事实上，出席马德里大会的原信奉马克思列宁主义国家的历史学家的数量比之前增加了很多。
会议上，国际历史科学委员会的一些成员呼吁运用一种全球方法研究过去，超越相对狭隘的关于马克思列宁主义与西方民主制对抗的研究。因此，在这次大会上，“革命与改革”被安排在第三部分。第17届国际历史科学大会秘书长阿维勒夫人也认为，大会中应增加一些有关全球史的主题，在她的建议下，“欧洲人（哥伦布等）发现美洲及其后果”作为大会的第一主题，并产生了很大的反响。
这次会议更加关注与现实有关的一些问题。英国学者巴克教授说：“史学家不只是进行考证工作，更应该像经济学家和政治学家那样对社会发展提出看法。有所作为。希望各国史学家多考虑21世纪的问题。”他提出了一个崭新的、全球性的课题——“历史上的大城市：政治、经济与社会的发展”，作为大会的第二主题。
第三个主题即“革命或改革”，许多来自原社会主义阵营的历史学家借此机会捍卫他们的观点，但是这个话题的热度已经消失，很多西方历史学家认为在这个问题上已经没有讨论的必要了。
方法论的问题依然是此次大会的一个重要部分。因此，大会中组织了“人类学和社会史、文化史”讨论会。此外，大会上对非欧国家的历史给予了很大的关注。历史编纂学历史委员会组织了一次讨论会“西方与非西方历史编纂学”，主要研究了19世纪和20世纪早期“第三世界”历史研究的出现和发展。这个主题与国际历史科学委员会执行局的想法一致，即超越传统欧洲范围的限制吸纳全世界的历史学家参与。
由于国际局势的变化，马克思主义史家与西方历史学家之间的对抗己经失去了重要性，而南北之间以及工业化国家与相对不发达的国家之间的矛盾开始日益凸显。但是，从此次大会中，我们可以看到国际历史科学大会也开始朝着埃德曼为其设定的“历史学家的全球共同体”目标前进，历史学的全球化趋势崭露头角。
国际历史科学委员会附属专业组织编年史委员会组织了一次讨论会“西方与非西方的历史编纂学比较”，探讨了19世纪和20世纪初“第三世界”国家历史研究的出现和发展。这个讨论会的主旨与国际历史科学大会力图超越欧洲视野，吸纳世界各地历史学家参与的目标一致。中国学者张芝联发表的论文是《中国历史编纂与西方》，印度和印度尼西亚的学者也讨论了各自国家历史编纂学的情况，还有一些学者讨论了阿拉伯和现代非洲历史编纂学的情况。但是由于经费困难等种种原因的限制，非欧国家的参与者仍然很少。
中国史学家刘大年、日本学者永原庆二和印度学者夏尔玛共同主持了“亚洲封建制度专题讨论会”，这是第一个由亚洲国家主持的专题讨论会。与会的亚洲学者积极地参加讨论。如中国的马克壵和林甘泉分别以《中国和西欧封建制度比较研究》和《租佃制与君主专制：中国封建制度若干特点的考察》探讨中西欧封建制度。此外，亚非拉学者踊跃地参加到“历史家与保护历史文化遗产”、“革命与改革”、“黑非洲国家和帝国”等讨论会上。
1990年之后，国际史学会主席巴克雄心勃勃，想在创新国际史学会工作方面做出一番事业。他设计在每５年一届的大会之间多开小型研讨会，在欧洲之外的国家开展更多的活动。但这些想法遭到秘书长贝达里达和司库杜波依斯的反对，贝达里达说他目前的工作已经不堪重负，而杜波依斯说限于财力，这些会议只能依赖各国委员会，而亚洲、非洲和拉美的许多国家根本没有史学会，也没有财力承担会议。1991年9月12日至15日，执行局在柏林开会，检讨国际史学会和大会的工作，巴克起草了“国际史学会的现状与未来”的报告。他提出大会要年轻化，青年历史学家是生力军，创造力旺盛，但是他们没有机会在大会崭露头角。他还批评了研讨会都是在读稿子，根本不给听众讨论的时间。巴克前一个问题是创见，后一个问题几乎是历届大会的一个通病，一个老问题。
1992年9月在布拉格举行的国际史学会全体会议上，继续讨论工作机制改革的问题，中心问题是国际史学会与各国史学会之间的关系。在题目方面，执行局基本都是依赖于各国史学会的建议；在人选方面的问题是，年轻学者基本都被各国史学会“过滤”掉了。贝达里达谈了他的苦衷，他只有一个助手，虽疲于奔命地联系各国史学会，但是，“它们有四分之一到四分之一是积极合作的，相当多的是消极的，保持着沉默，更不用说那些只是存在于文件上的”。国际史学会的确没有权力，它的主要影响就是筛选各国史学会和各分支委员会提出的议题。贝达里达还谈到了一些新问题，从苏东地区原社会主义国家新独立的克罗地亚、斯洛文尼亚、乌克兰和波罗的海三国在等待加入国际史学会。而阿拉伯国家、许多非洲和拉美国家没有成立国家史学会的基础，很难开展工作。
但这位秘书长表述要致力于年轻化工作，加强信息交流，在制度层面上增进与各国史学家的接触，“因为有着共同的科学要求和标准，全世界的历史学家正在联合起来”。年轻化是国际历史科学大会自20世纪90年代以来一贯坚持的一个努力目标，对于即将召开的第22届大会，国际史学会称“特别欢迎年轻历史学家结群与会”。（见国际史学会官网：http://www.cish.org/EN/congrew/index.html）。另据介绍，第22届大会从2008年讨论申办，到申办文件的准备和申办“承诺”的条件，“如何资助国外年轻学者，甚至包括博士生参会”始终是一个重要议题，甚至是经常性议题。
这次全体会议还修改了章程，这是迄今最后一次修改。以前其宗旨是“通过国际合作促进历史科学发展”，现在的界定就是在其官方网站的内容，出更加清晰：“国际历史科学委员会在历史研究和教学领域内维护思想和言论自由，反对滥用历史，尽可能保障其成员遵守职业道德准则。”
1994年9月，在洛桑的执行局会议，巴克又有新的设想，有的没有实现，有的经过调整得以实现。他建议把秘书长工作划分为二，一个行政秘书，一个秘书长，后者负责国际史学会与各国重要史学家的联系，以此建立一个世界性的联系网。此项提议未被采纳。
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