莫诺提议在柏林召开下次大会，让德国人惊讶之余，也顿感措手不及。随后，德国人就是否办会分成了两派，他们的讨论充分体现了国际史学大会在创始阶段所遇到的危机，也从主办国角度辩论了这样的一个大会是否有必要存在下去，故德国人办会的辩论是解读史学大会早期历史的理想样本。在回国之后，柏林的多数历史学家认为大会收效甚微，他们对把大会办成常设机构持保留意见。
哈纳克在给普鲁士教育大臣的信中，则请求政府支持主办大会。他说：“拒绝在罗马的决定会开罪国际同行。先不论在柏林办会的困难，但有利的结果是可行的，也值得期待，就目前形势看，大会也可能在其他欧洲国家的首都召开，德国将失去对此机构施加影响的机会。”但哈纳克还绝不仅仅是从国家利益和大会权力角度来看待办会事宜的，他从更深层的学术事业的国际性方面继续讨论：“学术是国际性的事业，没有秘密，它是几千年前就出现的人类共同的事业。当经济还在无数的藩篱和障碍之后没有发挥作用的时候，学术就是国际性的了。当然，如果没有大会，它将继续保持国际性；倘若如此，它将错过时代放在眼前的可行的便利。这个便利是学术交流除了出版和通信方式之外，还有活生生的人物对话。”哈纳克把学术称为“巨大的事业”，在各民族欲望膨胀的时代，冲突会越来越多，而“专业的和个人学术交琉，科学工作的和平竞争，可以在这方面防止和弥补一些冲突”。在一战之前战争阴云密布的年代，哈纳克阐述了学术交流所起到的和平作用。
以爱德华·梅耶、米歇尔·唐戈和奥托·欣茨为首的一批历史学家上书普鲁士教育大臣，力陈反对主办会议的理由：“在我们看来，因为漫无目的，国际历史科学大会是失败的。……历史深受政治和民族差别的影响，不可能存在共同交流的基础。大会讨论要么围绕着毫无结果的方法论争议，要么围绕着中性的边缘问题。……大会的经历决不鼓励我们朝着这个方向努力。海牙大会和巴黎大会以惨败收场，甚至上一届罗马大会也没有证明该机构的生存能力。”这几位学者认为办会将耗费国家的财力和学者的精力，故从公共利益出发，不应主办大会。
普鲁士教育部的买际掌权者是弗里德里希·阿尔索夫（1839—1908），他被誉为“德国大学制度的俾斯麦”，在教育界一言九鼎。阿尔索夫相信“科学连结各民族”，认为“从国际和解的角度”出发，普鲁士和德意志帝国政府应该支持办会。随后，组委会成立，由赖因霍尔德·科瑟尔任主席，他是普鲁士国家档案馆馆长，也是一位历史学家，腓特烈大王传记的作者。科瑟尔的两位助手是爱德华·梅耶和维拉莫维茨·莫伦道夫，他们是在蒙森之后德国最重要的古典学家。
柏林会议的参加者不足1000人，包括150名学生，外国学者不足总人数的1/4，以来自奥地利、俄国、英国和瑞典的学者居多，而法国和美国学者很少，甚至提议在柏林开会的莫诺也没有参加。德意志帝国内政大臣兼普鲁士副首相霍尔韦格出席了开幕式。
在会议组织方式上，柏林会议也有所改变。首先是减少了分组讨论，而且不设史学方法论分会场，以减少无谓的争执。八个分会场是：东方史、希腊、罗马、中世纪和近代政治史、中世纪和近代思想文化史、教会史、艺术史和历史辅助科学。再一个革新是每天中午召开一次全体会议，邀请著名学者发表演说，但受邀人只限于外宾，德国人不参加。形成对照的是，所有的分会场都由德国历史学家主持。
这时关于兰布雷希特争论的高潮已经退却，但余音犹存。兰布雷希特与以“为何如此”的方法论代替兰克的“如实直书”，他的归纳和演绎的分析法和兰克的描写与叙述法不同。兰布雷希特想把历史学科学化，马克思主义历史学家弗兰茨·梅林把他归作历史唯物主义的外围人物。
而兰克的传人迪特里希·沙菲尔（1845-1929）则继续强调政治史的重要性，说只有集中于国家事务时，历史学才具有科学特征，政治才是历史发展的动力和真实内容。伟人和国家的政治成就应代替风俗习惯和物质条件的内容，成为历史学的核心。
埃伯哈德?哥特海因（1853-1923）对此进行了批判，他是狄尔泰（Wilhelm Dilthey，1833—1911，德国哲学家，历史学家，心理学家，社会学家，生命哲学的创始人）的学生，也被布克哈特视为接班人。哥特海因提出了综合文化史概念，说历史要研究经济、社会、宗教、政治和城市题目，和宗教、艺术、法律、经济一样，国家只是人际交往的特殊形式，理解历史的关键在政治之外。
兰布雷希特本人还出席了柏林会议，他介绍了他的社会心理学研究计划。他主持的莱布尼茨文化和普世史研究所正在扩展到非欧洲文化，进行包容了宗教、艺术和经济史的跨学科研究。兰布雷希特对历史思想和历史书写的新探索，遭到了德国同行压倒性的批判。但在德国之外，他声望卓著。对于来柏林的外国学者来说，莱布尼茨研究所的新颖的综合历史概念、大批的出版物和兰布雷希特的天才领导才能颇具吸引力。赞同他的有法国《综合历史评论》杂志的贝尔、比利时的亨利·皮朗、挪威的哈弗尔丹·科特（1926当年选第一届国际历史科学委员会主席）、罗马尼亚的尼古拉·耶尔格。
其他重要的发言还有：美国驻德国大使大卫·希尔的“历史学家的伦理作用”、新康德主义者理查德·费思特的“历史学的世俗化”、弗莱堡大学的海因里希·菲克的“宗教改革前史研究状况”、塞巴斯蒂安·莫克尔的“论启蒙运动时期的天主教”、哈曼·刚克尔的“旧约圣经时代的埃及”、美国巴尔的摩的亚述学家保罗·霍普特否定新约圣经起源于犹太人的发言、埃里克·马克对俾斯麦青年时代的论述、法国埃及学家盖斯顿·麦斯佩罗介绍对尼罗河流域纪念物的保护情况、罗斯托夫采夫关于罗马隶农制的发言、弗雷德里克·波洛克爵士论中世纪英国行政机构的发言、亨利·皮朗对罗马-日耳曼式的勃艮第中央集权国家的讨论。
与往届相比，人物传记和外交史类的论文数量大减，这与组委会主张避免冲突的安排主旨有关。组织者的目的是让大会留下严谨的科学工作的特征，事实上他们做到了。参会的美国学者哈斯金斯评价柏林会议把“10年之前业余人士的聚会转变为一个井然有序的科学团体”。
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