1959年我军成功粉碎西藏反动势力叛乱，图为被俘的叛军
西藏和平解放后，中共中央和中央人民政府积极帮助西藏进行经济、文化等各方面建设，并从尊重西藏历史和现实出发，本着祖国统一、民族平等团结的一贯主张，对西藏的工作采取"慎重稳进"的方针。《和平解放西藏办法的协议》中规定："有关西藏的各项改革事宜，中央不加强迫。西藏地方政府应自动进行改革，人民提出改革要求时，得采取与西藏领导人员协商的办法解决"。1956年底中央人民政府宣布，西藏6年内不进行民主改革。第三个五年计划期间是否改革，也要视情况而定。并在组织上、工作上进行了相应的收缩，减少了驻藏部队和工作人员数量。对西藏原地方政府和上层人员，则采取团结教育和改造的政策，争取他们共同建设西藏。然而，西藏上层反动集团，把中央的政策视为软弱可欺。他们在外国势力的支持和操纵下，坚持农奴制度永远不改的反动立场，千方百计阻挠和破坏十七条协议的实行，阴谋实现"西藏独立"。他们一方面利用民族、宗教关系唆使邻近一些省区的藏族宗教组织和部落的上层反动分子，公开组织叛乱。1957年，川、甘、青三省藏族地区的少数分裂分子调集拉萨，成立了名叫"曲细岗珠"的叛乱组织，以统一策划和指挥西藏周围地区的叛乱活动。另一方面与叛乱分子勾结，积极积蓄力量，蓄谋叛乱。1958年4月，拉萨"三大寺"及藏军首恶分子与叛乱组织"曲细岗珠"签订了进行叛乱的同盟书，并区分了各自的任务和发动叛乱的地区，于6月初开始分批前往山南、黑河、林芝等地。到达山南的叛乱武装头目，打着保护宗教信仰的幌子，组织了"卫教军"，企图把山南作为叛乱的大本营。他们还在昌都、黑河、山南、林芝、江孜等地策动当地反动分子，袭击人民解放军驻地和车队，破坏交通干线，抢劫物资。叛乱分子所到之处，烧杀抢掠，无恶不作，给西藏人民造成了深重灾难。
西藏上层反动集团在支持参与各种叛乱活动的同时，还积极扩充藏军，使藏军由1951年的1400人，增加到3000多人，以作为叛乱的骨干力量。
西藏上层反动集团经过长期策划准备，以为时机成熟，于1959年3月10日公然发动了以拉萨为中心的武装叛乱。他们借达赖喇嘛3月10日要到西藏军区机关驻地观看军区文工团演出之机，挑起事端，煽动不明真相的僧侣俗民围住达赖喇嘛的住地罗布林卡，阻拦达赖喇嘛前往，唆使叛乱分子打伤西藏军区副司令员桑颇·才旺仁增，杀害西藏自治区筹备委员会官员、爱国人士堪穷·索郎降措，并拖尸示众。叛乱分子还驱使部分群众上街游行示威，高喊"西藏独立万岁"等反动口号、当天，叛乱首领在罗布林卡开会，宣称"同中央决裂，为争取西藏独立而干到底"，他们指使猬集于拉萨及其周围的叛乱武装7000多人，在药王山、罗布林卡、布达拉宫及市郊各要地构筑工事，将西藏军区司令部和中央人民政府驻拉萨代表机关团团包围。17日，达赖喇嘛潜离拉萨前往印度。叛乱活动更加猖狂。他们割断电线，破坏桥梁，向解放军和中央代表机关进行零星射击。20日凌晨，叛乱武装袭击前往拉萨河渡口执勤的人民解放军分队，向驻拉萨的解放军和中央代表机关发起了攻击。
中共中央、中央人民政府对西藏上层反动集团蓄谋已久的分裂行径和叛乱活动早有察觉，并进行耐心的说服教育工作，等待他们觉悟。直至3月14日，西藏军区政治委员谭冠三在致达赖喇嘛的信中仍然"希望西藏地方政府改变错误态度，立即负起责任平息叛乱，严惩叛乱分子"。然而，他们不顾中央的耐心等待，再三教育，仍肆无忌惮地进行分裂活动，发动武装叛乱。为了维护国家统一，巩固民族团结，彻底解放西藏人民，中共中央、中央人民政府不得不改变原定"六年不改"的方针，作出"彻底平息叛乱，充分发动群众，实行民主改革"的决定，以从根本上推翻封建农奴制度，建设人民民主和社会主义的新西藏。3月28日国务院发布命令，宣布解散原西藏地方政府，解散藏军，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，任命班禅额尔德尼·确吉坚赞代理西藏自治区筹备委员会主任委员，并责成人民解放军西藏军区指挥西藏部队，团结西藏广大人民，彻底平息武装叛乱。
遵照中共中央、中央人民政府和中央军委关于平息西藏反革命武装叛乱的指示，西藏军区于3月20日，召开紧急会议，决定不待增援部队到达，即组织市内现有兵力平息拉萨市区的叛乱。上午10时，驻藏人民解放军开始对叛乱武装实施反击，步兵分队在炮火掩护下首先攻占了药王山，控制了市内制高点，切断了西郊叛乱武装与市区的联系。继尔攻占罗布林卡。21日晨对市区叛乱武装达成合国，并对小昭寺顽抗之敌予以全歼。在此情况下，大昭寺、布达拉宫的叛乱武装开始动摇，在强大政治攻势下，于22日拂晓缴械投降。至此，拉萨市的武装叛乱基本平息。21日至23日，驻日喀则、黑河、阿里的解放军分别解除了这些地区的藏军武装，接管了地方政权。这样，解放军就完全控制了西藏几个主要城镇，摧毁了叛乱的指挥中心，打乱了西藏上层反动集团的叛乱计划，为平息西藏其他地区叛乱创造了条件。
拉萨平叛结束后，西藏军区迅速调集兵力，平息山南地区的武装叛乱。山南地区的武装叛乱，早于1958年夏季在西藏上层反动集团直接策划指使下，以康、青、甘流窜入藏的叛乱分子为骨干发动起来的，是叛乱武装盘踞的一个重要巢穴。拉萨叛乱平息后，叛乱首领及其部分溃逃的叛乱武装窜至山南，与山南的叛乱武装会合，并成立总指挥部。调整强化组织，妄想把山南地区变成武装叛乱的大本营。为迅速歼灭叛乱武装主力，西藏军区命令平叛部队分进合击，围歼山南叛乱武装。从1959年4月4日开始，平叛部队兵分五路，日夜兼程，连续奔袭，不断进剿，捣毁了叛乱武装的巢穴，迅速控制了整个山南地区，切断了叛乱集团与国外的联系，为平息西藏全区叛乱奠定了基础。
拉萨、山南地区的武装叛乱被平息后，为确保青藏公路补给运输安全，平叛部队又于5月22日对藏北青藏公路以西地区展开进剿。经40多天的反复搜寻、追歼，于7月上旬形成纳木湖南岸追堵结合的围歼战，基本肃清了班戈湖、申扎和黑河之间地区的股匪，控制了该地区。8月17日至9月15日，平叛部队以迂回合围形式，对盘踞麦地卡地区的叛乱武装进行围剿，历时29天，基本肃清了麦地卡地区的叛乱武装。经过纳木湖、麦地卡等围剿作战，基本歼灭了青藏、川藏公路两侧的叛乱武装，保证了公路补给运输安全。与此同时平叛部队还组织了昌都东北、盐井和昌都东南两次进剿作战，围歼了主要叛乱武装，控制了金沙江、澜沧江两江之间的广大地区，从而结束了昌都地区长期动乱的局面。
经过9个月的平叛作战，驻藏人民解放军完全肃清了拉萨、山南、江孜地区的叛乱，基本平息了昌都、黑河、塔工等地区的叛乱，控制了主要城镇和交通干线。但边沿地区的叛乱仍未停止。为迅速平息叛乱，驻藏人民解放军在充分准备的基础上，于1960年2月开始，集中主要兵力，在大股叛乱武装盘踞的思达、丁青、嘉黎、扎木之间地区，黑河、巴青之间地区，申扎、萨噶、定日之间地区，昌东南宁静、三岩地区和阿里地区先后组织6次进剿作战，歼灭叛乱武装2万余人。到1960年7月，西藏全区范围内大股叛乱武装被歼灭，取得了平叛斗争的决定性胜利。
