1月24日，香港特区行政长官曾荫权会见新闻界，宣布中央人民政府已根据他的提名，任命王永平为工商及科技局局长、俞宗怡为公务员事务局局长。曾荫权同时宣布委任曾俊华为行政长官办公室主任。有关任命即日生效。
    3月1日，经十届全国人大常委会第二十次会议表决通过，前香港律政司司长梁爱诗接替黄保欣成为香港基本法委员会副主任。
    5月9日，香港金融管理局宣布，香港2006年4月底的官方外汇储备资产为1270亿美元。
    5月10日，《2006官选举及立法会选举(综合修订)条例草案》获得香港立法会通过。
    6月27日，全国政协主席贾庆林抵达香港，出席《内地与香港关于建立更紧密经贸关系的安排》(CEPA)签署3周年纪念活动，并对香港进行参观访问。
　　7月1日，香港特别行政区在金紫荆广场隆重举行升国旗仪式﹐庆祝香港回归九周年。今年香港各界七一“庆祝回归9周年　和谐　团结　发展　大巡游”活动，有超过100个演出团体在巡游过程中向市民进行特色表演，超过30，000名市民参加。
    7月3日，特区政府正式分阶段实施5天工作周，公务员事务局局长俞宗怡表示，当局在推行五天工作周前深思熟虑，确保不会妨碍香港的经济发展，所有紧急服务亦不受影响。
    8月14日，特区政府统计处发表最新的数字显示，2006年年中的香港人口为699．45万人。与 2005年年中人口比较，增加5．86万人，增长率为0．8％。
　　10月11日，香港特区行政长官曾荫权发表其任内的最后一份施政报告，规划特区政府来年的施政。报告以全面改善港人的生活质素为主调，勾勒出一揽子提升广大市民生活质素，加强社会和谐的措施。
　　10月28日晚七时许，全国政协副主席霍英东病逝于北京协和医院，终年八十三岁。长子霍震霆表示亡父的丧事会在香港举行，他透露，在北京会进行简单的悼念仪式，丧事之后会安排在香港举行。
　　11月9日，世界卫生组织举行大会，各成员国代表在闭门会上审议并投票批准了中国推荐的陈冯富珍女士出任新一任世界卫生组织总干事的提名。这也是中国人第一次在联合国机构中担任最高负责人职位。
　　11月17日，香港中文大学医学院最新研究有突破性发现：由两种植物提炼出来的物质1-21-1-1及PYF1M2，每微克份量能有效抑制5成的人类流感和禽流感病毒在细胞内复制，抑制病毒的繁殖。香港中大计划与美国有关机构合作，研究制成抗流感药物的可行性。
　　12月3日，香港单车选手黄金宝在多哈亚运男子单车个人公路赛中，为香港夺得首面金牌，港协暨奥委会会长霍震霆表示，他对黄金宝这次夺金感到“大开心”，认为也对香港运动员起到鼓舞作用。
　　12月22日，海航集团董事局董事长陈峰透露，香港航空将被纳入由海航集团发起的“中国新华航空集团”。“大新华”于明年上半年挂牌。