白皮书说，青藏铁路建设论证之初就确定了“建成一条生态环境保护型铁路”的目标。

    在铁路的线路选择上，尽量避开野生动物栖息、活动的重点区域。对无法避让，必须经过野生动物活动区域的路段，针对沿线野生动物的习性、迁徙规律，在不同地段布设了二十五处不同类型的野生动物通道；在许多地段还专门架设了作为野生动物迁徙过往通道的旱桥，以最大程度地保证铁路沿线野生动物的正常活动。如在六、七月份，为了藏羚羊顺利通过工地前往繁衍地产仔，青藏铁路有关参建单位为此停止施工四天，施工人员和施工机械撤离工地。

    白皮书说，为了不破坏草地、湿地等自然环境，在施工中，非常注意地表植被的保护与恢复。植被难以生长的地段、路基和施工车辆所经之处的草皮要保留下来，逐段移植，易地保存，待后覆盖到已完成的路基边坡或施工场地表面，使地表植被的损失减少到最小程度。对自然条件较好的地段，精选适合高原生长的草种，辅以适合的播种繁育技术，尽最大努力恢复地表植被。对自然条件稍好的地段进行人工培植草皮试验，辅以喷播、覆膜等技术，在沱沱河长江源区，高原路基植草专项试验已取得了初步成功。

    白皮书说，建成后的青藏铁路各车站，取暖使用以电能、太阳能、风能为主的环保型能源。车站的废弃物收集后集中处理；生活污水要经处理达标排放，尽量用于绿化；客车采用封闭式车体，车上垃圾装袋，运至高原下交车站集中处理。管理上适应高原特点，采取中心站的管理模式，全线设置七个中心站。每个中心站管理控制半径在八十公里左右，对行车和维修全面负责。尽量采用远程自动化控制，机械化维修，减少高原上的组织机构和人员，最大限度地保护青藏高原的自然生态环境。