手抄本《梅花档案》有很大一段医学院解剖尸体的情节，记者了解到，这次拍摄电视剧《梅花档案》，剧组将这一段戏全部用真尸拍摄，让悬疑恐怖的气氛升级。
《梅花档案》拍摄现场拍摄医学院解剖尸体采用真人，导演透露是为了使恐怖气氛更加浓重一些，也是为了让观众感受一些真实的东西，虽然说拍摄那天做了很久的心理准备，
但是在拍摄当天剧组很多人还是没能吃下午饭和晚饭。拍摄在一层楼的停尸间里，尸体或整齐或凌乱的被放置在各种器皿里，各种瓶瓶罐罐里用药水泡着人体的各种部位，据说，这种地方就是大白天也让人毛骨悚然。一名工作人员进入现场三十秒后便跑出来呕吐不止。
演员董勇在拍摄《黑洞》时就接触过真的尸体，但是他说这次让他感到十分恐怖与恶心。周杰则是只要没有自己的戏决不呆在楼内，一有时间就要跑出楼道；并且勒令自己的助理决不能把自己的物品带进停尸间。剧中女二号的扮演者海清进入有尸体的房间就没敢睁开眼睛，在第一场拍摄中，导演刚刚喊过开始，就听到海清凄惨的哭声。
真正恐怖的一场戏是晚上12点左右，剧中有一场女三号和周杰在停尸房门口执行任务的戏，整座楼的医务人员已经离开了，剩下的只是剧组的工作人员和一个看守尸体三十余年的工人，拍摄开始，第一遍，因为灯光师觉得光线不是很理想，要重新拍一遍，女三号和周杰蹲在真正停尸房的门口开始了第二条的拍摄，当时停尸房内没有任何带呼吸的活人，有的是泡在瓶子里被肢解的人体碎片和被泡在箱子里的半个人；当女三号的台词说到“我就怕死人突然开门走出来”时，女三号背后停尸房的门吱吱呀呀地开了，吓得女三号扑到周杰怀里连喊“妈妈不要，妈妈不要”，周杰表现镇静，但大家还是从他的额头找到了一些细小的汗珠。在场的工作人员也是寂静了数分钟才敢出声。
据说，已经有人提议《梅花档案》制作方在海报上写上，“《梅花档案》不适合单独观看，女士需有男士陪伴，有心脏病的以及少年儿童禁止观看。”
